Собор был заложен в 1718 году напротив Спасской церкви. Строительство завершилось в 1731 году. Собор отличается пышным декором, сочетающим в себе древнерусские, барочные и местные мотивы. Для отделки собора мастера выполнили триста изразцов! Только три памятника в Сибири украшены изразцами, и в их числе иркутский Богоявленский собор.
К середине 18 века в Иркутске развиваются ремесла: по количеству мастеров различных ремесел Иркутск занимал 17 место в России. В 1797 году в Иркутске был отлит свой иркутский царь-колокол, весом в 761 пудов – 12 тонн! Для этого колокола при Богоявленском соборе была выстроена специальная колокольня. Многочисленные сильные землетрясения послужили причиной разрушения отдельных строений собора, и до наших дней Большой колокол не сохранился. Рядом с собором в середине 19 века было построено Архиерейское подворье: здесь располагались и библиотека и духовное училище. Собор был усыпальницей иркутских архиереев. До 1894 года Богоявленский собор имел статус кафедрального собора. В 1894 году кафедра была перенесена в Кафедральный Собор Казанской Божьей Матери.