Сформированные крупные капиталы стали основой для развития различных отраслей хозяйства Восточно-Сибирской губернии. Удаленность Восточной Сибири от европейской России заставляла промышленников вкладывать средства в развитие дорог. От этого зависела быстрота оборота капиталов.
До 1898 г. главной транспортной магистралью оставался Московский тракт. Крупные транспортные компании принадлежали купцам: И.С. Хаминову, братьям Каменских, Ф.Х Пушникову, Шешуковым, Кухтериным. В извозный промысел были вовлечены тысячи крестьянских и мещанских семей.
Крупными транспортными артериями Сибири стали реки: Енисей, Иртыш, Обь, Ангара, Лена, Селенга, Китой, Белая и озеро Байкал. Первый пароход Иркутской губернии «Император Николай I» был спущен на Байкал в 1844 году. В 1845 году по Байкалу ходил второй пароход «Наследник цесаревич». В 1860 году на Байкале насчитывалось 3 парохода и 8 буксируемых судов. С 80-х годов на Байкале действовало пароходство рыбопромышленников. В 1881 году было образовано Кяхтинское пароходное товарищество.
Нижнее течение Ангары осваивало пароходство С.М. Сибирякова. Лена осваивалась золотопромышленниками Сибиряковыми, Базановыми, Немчиновыми. Пароходство, как и все транспортные компании, были частными.
Развивался транспорт на золотых приисках: в 1896 году было закончено строительство первой очереди Бодайбинской железной дороги. В 1891 году началось строительство Транссибирской железнодорожной магистрали, что способствовало быстрому развитию экономики губернии: быстро развивается черная металлургия и каменноугольная промышленность.